نقش حیاتی آب و انرژی در اقتصاد و استقلال کشور ایجاب می کند که برنامه ریزی اصولی، جهت بهره وری بهینه و پایدار از این منبع انجام گیرد. وجود28500 میلیون مترمکعب منابع آب مخازن سدها، وجود شبکه های آبیاری و زهکشی گسترده و بیش از سه هزار مرز آبی در سواحل خلیج همیشه فارس، دریای عمان و دریای خزر و نیز وجود منابع سرشار طبیعی اعم از منابع نفتی و شیلات و نیاز به بهره برداری بیشتر و بهتر از این منابع غنی و همچنین وجود بیش از یکصد بندر کوچک و بزرگ تجاری و صیادی در این سواحل لزوم پرداختن به مسائل مختلف در زمینه آب را جلوه گر می نماید.
بی تردید روابط نزدیک و تنگاتنگ انرژی و توسعه صنعتی و افزایش مصرف و بهای انواع انرژی طی سالهای اخیر از یک طرف و نقش انرژی در بهای تمام شده کالاهای تولیدی و صنعتی و نیز فشار اقتصاد و تجارت جهانی بر اقتصاد کشورها درجهت کاهش قیمت محصولات از سوی دیگر موجب شده است که اهمیت مطالعات و تحقیقات انرژی بویژه نوع ارزان قیمت و تجدید پذیر بیش از گذشته موردتوجه خاص قانونگذاران، سیاستگذاران و مدیران بنگاههای اقتصادی و صنعتی کشور قرار گیرد.
امروزه انجام مطالعات و تحقیقات آب و انرژی در جهت اهداف مختلف اقتصادی، امنیتی، سیاسی، نظامی، زیست محیطی و... با استفاده از تکنولوژی های پیشرفته و متدهای نوین، امری اجتناب ناپذیر تلقی می شود.
استان خوزستان د با داشتن پتانسیل بالای تولید انرژی و کنار پتاسیل منابع آب و کمبودها و نیاز آبی بالا به عنوان یک منطقه شاخص و استرات‍ژیک در سطح کشور مطرح است و می تواند نقش موثری در تحقیقات، پژوهش و فناوری در زمینه آب و انرژی برعهده گیرد.
با توجه وقوع پدیده های خشکسالی و بحرانهای آب و انرژی در منطقه در جلسه مورخ 12/5/1387 ستاد عالی خشکسالی استان خوزستان موضوع تأسیس پژوهشکده آب و انرژی مورد تصویب قرار گرفت و در تاریخ15/7/1387 تفاهم نامه ای فی مابین دستگاه های اجرایی جهت احداث پژوهشکده آب و انرژی جندی شاپور تأیید و تصویب گردید. و در نهایت مجوز تأسیس این پژوهشکده توسط شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم تحقیقات و فناوری طی نامه شماره 23507/22 مورخ 28/12/1387 به دانشگاه شهید چمران اهواز ابلاغ شد.